COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 2.627199 5.004002 5.012564
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 5.058445
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 5.072946
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 5.065086
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.180091
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.256460
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.316307

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 4.200358
2021-06-03 17:00:00 3.448276 4.364694 4.255762
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 4.366218
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.314526
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.437470 4.370133
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.480085
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 4.573921

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.169761
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.877193 8.565893
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.043445
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.341126
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.690141 9.748590
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 10.096246
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 10.598081

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 6.031096
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 6.028792
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 6.008575
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.846123
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.646147
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.609528
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.578674

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 5.000671
2021-06-03 17:00:00 5.112570 5.112570 5.057784
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 5.090380
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 5.128979
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.926720 5.138378
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.233269
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.290617

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 10.759900
2021-06-03 17:00:00 24.116424 24.116424 10.902365
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 10.780286
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 10.564309
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 10.988909
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 11.170097
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 11.231074

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 2.011105
2021-06-03 17:00:00 1.207243 2.075612 2.045531
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 2.054553
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 2.080937
2021-05-31 17:00:00 1.709402 2.114473 2.111650
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 2.131341
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.181688 2.159162

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 3.219174
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.277750
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.248583
2021-06-01 17:00:00 2.136518 2.136518 3.204583
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.268117
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.312464
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.311622

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.547847
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.616521
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.748853
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 2.799446
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 2.877654
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 2.938880
2021-05-29 17:00:00 3.687050 3.687050 3.005379

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 3.241564
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.203134 3.395217
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.535650
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.642206
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.061136 3.641528
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 3.779168
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 3.926092

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.420948
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.324037 5.689644
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.833476
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.909700
2021-05-31 17:00:00 11.086475 11.086475 5.860521
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 5.888186
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 5.988766

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 0.000000 0.000000 1.067407
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 1.052797
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.125949
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.098036
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.092733
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.095875
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.082484

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.569389
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 4.985119
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.352679
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.521145
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 5.716169
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 6.004714
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 6.088800

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.223062
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.328431 3.417215
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.567328
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.650574
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.308901 3.679340
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 3.893021
2021-05-29 17:00:00 3.269755 4.712042 3.913481

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.064217
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.453030 4.168624
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.316105
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.435877
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.607346 4.391301
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 4.529431
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 4.706138

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 6.220248 14.973262 11.294049
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 11.711475
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 11.673884
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 11.869096
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 11.901787
2021-05-30 17:00:00 19.230769 19.230769 12.332922
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 12.772552

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.359522
2021-06-03 17:00:00 4.634831 1.905312 2.280847
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 2.239697
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 2.184566
2021-05-31 17:00:00 2.253521 2.253521 2.169800
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 2.121437
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 2.068372

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.551375
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.587188
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.520958
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.469215
2021-05-31 17:00:00 6.510220 9.084027 6.512673
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.564670
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.532406

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 3.227650
2021-06-03 17:00:00 5.090312 5.090312 3.332854
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.418290
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.461417
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.428347 3.520652
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.671736
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 3.791658

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.720963
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.023891 4.785591
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 4.896898
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 5.139791
2021-05-31 17:00:00 3.636364 1.009251 5.105898
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.239538
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.366786

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 6.435232
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 6.550207
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 6.663310
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 7.138006
2021-05-31 17:00:00 38.461538 8.658009 7.070372
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 7.227840
2021-05-29 17:00:00 12.865497 4.970760 7.675898

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-04 17:00:00 0.315861 5.446770 5.836887
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 6.140360
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.475275
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 6.607034
2021-05-31 17:00:00 4.803843 4.803843 6.883553
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.065582
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.301124

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.261364 4.261364 4.200358
Basilicata 14.912281 14.912281 8.169761
Calabria 6.570117 6.570117 6.031096
Campania 5.032713 5.032713 5.000671
Emilia-Romagna 9.351621 9.351621 10.759900
Friuli Venezia Giulia 1.821731 1.821731 2.011105
Lazio 2.687219 2.687219 3.219174
Liguria 1.224740 1.224740 2.547847
Lombardia 3.316631 3.316631 3.241564
Marche 6.120690 6.120690 5.420948
Molise 0.000000 0.000000 1.067407
P.A. Bolzano 2.193784 2.193784 4.569389
P.A. Trento 2.372479 2.372479 3.223062
Piemonte 4.023594 4.023594 4.064217
Puglia 6.220248 14.973262 11.294049
Sardegna 4.297225 4.297225 2.359522
Sicilia 5.820380 5.820380 6.551375
Toscana 2.197984 2.197984 3.227650
Umbria 6.590909 6.590909 4.720963
Valle d'Aosta 4.854369 4.854369 6.435232
Veneto 0.315861 5.446770 5.836887

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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